仮想マシン設定の編集→ハードウェア→ハードディスク→ユーティリティ→コンパクト
仮想マシン内で空き容量に0を書き込んだ上で↑の作業をするとさらに容量が減らせる場合がある。
↓のコマンドで実行可能。(ただし一時的に空き容量が0になるので注意。)
dd if=/dev/zero of=zero bs=512MB || rm zero
cf.http://d.hatena.ne.jp/adsaria/20080819/1219116911
Windowsがゲストの場合ではゲスト側でVMWare Toolsを起動しドライブを圧縮する。